400 tahun di masa depan, ditetapkan pada tahun 2415, Aeon Flux adalah pembunuh misterius. Empat abad setelah virus yang hampir hancur umat manusia, hanya menyisakan lima juta orang yang selamat di kota utopis disebut Bregna. Aeon sedang berjuang untuk menghancurkan rezim Goodchild dipimpin oleh senama nya, Trevor Goodchild, penguasa Bregna dan keturunan dari orang yang menemukan obat untuk virus mematikan. Seperti yang diperintahkan oleh Handler, Aeon ditugaskan untuk membunuh Goodchild, tetapi ada rahasia yang lebih dalam untuk ditemukan, dan konspirasi untuk digagalkan.

400 years in the future, set in the year 2415, Aeon Flux is a mysterious assassin. Four centuries after a virus nearly decimated the human race, leaving only five million survivors in a utopian city called Bregna. Aeon is struggling to destroy the Goodchild regime led by its namesake, Trevor Goodchild, the ruler of Bregna and a descendant of the man who found a cure for the deadly virus. As instructed by the Handler, Aeon is assigned to assassinate Goodchild, but there are deeper secrets to be discovered, and conspiracies to be foiled.